Główne powody tego zniknięcia były dwa: z jednej strony lata powojenne to czas katastrofalnego zanieczyszczenia i eutrofizacji Morza Bałtyckiego. Niefiltrowane ścieki spływały z kolejno tworzonych zakładów przemysłowych – niektóre bezpośrednio do morza, inne do rzek, które swój bieg również kończyły w tym samym miejscu. Rozwój przemysłu i czas podnoszenia się ze zniszczeń drugiej wojny światowej, był dla Morza Bałtyckiego czasem ekologicznej zapaści.
W latach ‘60 zaczęto przemysłowo poławiać algi, głównie był to widlik – glon, który tworzył z morszczynem podwodne skupiska. Widlik poławiano, by produkować z niego m.in. substancję żelującą agar. Jednak podczas obliczania podwodnych zasobów widlika pomylono się wielokrotnie i w ciągu kilku lat wyłowiono prawdopodobnie nawet połowę populacji. Morszczyn znikał razem z nim.
